鄱阳湖第二次科学考察成果陆续公布，科考人员通过现场调查和多年数据对比发现，鄱阳湖部分湖区已经出现了明显水华蓝藻聚集现象，并呈逐年加重的趋势。

对比2007年到2011年间的现场调查数据，科考人员发现，2013年鄱阳湖蓝藻水华分布区域较前几年有大范围增加。鄱阳湖湖泊湿地观测研究站夏季采样发现，在都昌、军山湖、康山湖、撮箕湖、战备湖等湖区水面均有肉眼可见的大群体蓝藻聚集。

值得庆幸的是，由于鄱阳湖是通江湖泊，水体交换快，丰水季节带走了大量营养盐，而枯水期主航道水流速度快，水体浑浊不利于蓝藻生长聚集，因此在鄱阳湖主湖区暂时未发现类似太湖等浅水湖泊爆发的大面积严重蓝藻水华。

但此次科考研究显示，未来5年，鄱阳湖的东南湖湾、老爷庙附近湖区、康山大圩、南矶湿地和入湖河口尾闾区等区域还将可能爆发蓝藻水华。当总磷浓度达到0.2mg/L，这些湖区所含蓝藻生物量将可能与太湖、巢湖等蓝藻水华严重的湖泊相当。

湖泊富营养化和蓝藻水华是全世界共同面临的重大环境问题之一，其发生往往与污水、水产养殖、湖水流动性差造成的水质下降有关。

鄱阳湖是中国第一大淡水湖，也是世界自然基金会划定的全球重要生态区之一。

由于第一次科考数据年代久远，为摸清鄱阳湖生态家底，江西省于2012年8月再次启动了“鄱阳湖科学考察”项目。科考历时2年，经过全国40多个科研机构的400多位科技工作者的辛勤工作，在生物资源、水文水环境、水污染调查等方面取得丰厚成果。